Бегемот от гиппопотама не отличается ничем, кроме названия. То есть разница между ними одна – этимологическая. Слово бегемот пришло из древнееврейского, где «behemoth» - множественное число «bhēmāh» - зверь, животное. В древнееврейском тексте Библии слово behemoth использовалось как определение неизвестного зверя. Позже было заменено на «зверие».
Слово гиппопотам имеет греческое происхождение, где «hippopotamus» означает «речная лошадь». В русский язык слов гиппопотам, скорее всего, проникло из французского.
Научное название и бегемота, и гиппопотама – Hippopotamus amphibius.