Семя – это многоклеточная структура единицы расселения, а спора гаметофита и является одноклеточной структурой. Семя уже имеет в себе зародыш, а также запас необходимых питательных веществ (таких как белки, жиры, крахмал) для развития будущего растения, а в споре этого нет.
При поступлении влаги в клетку спора сразу произрастает, а семя может иметь период физиологического покоя, то есть некоторое время они не способны образовывать проросток. Благодаря этому семя является более универсальным и надежным средством расселения растений.
Семя имеет прочную кожуру, а у споры достаточно тонкая оболочка.
Семя – результат взаимодействия мужских и женских половых клеток, а спора – бесполый способ размножения.
Размножаются спорами в основном грибы и бактерии, а семенами – растения.