Самца моллинезии от самки можно различить, рассмотрев у рыбок непарный анальный плавник, который расположен у анального отверстия, ближе к хвосту. У самца этот плавник свернут в трубку и называется «гоноподий», а у самки плавник треугольной формы. Этот признак общий для определения пола у всех живородящих рыб, а анальный плавник необходим внутреннего оплодотворения.
У ряда видов моллинезии самки немного больше самцов. В данном случае, чем самец меньше по размеру, тем более он способен к производству потомства. У других видов самки, наоборот, меньше самцов.
У некоторых видов моллинезии самцов можно отличить по большому, похожему на парус плавнику на спине. Этот плавник и послужил причиной для такого названия рыб – парусная. У самок парусный плавник обычного размера.