В сущности ничем, кроме названия, отражающего функциональную особенность: побег - от латинского cormus "стебель", а стебель от греческого stiphros "крепкий". То есть одно является продолжением другого. Первичен все же побег, он считается вегетативным органом растения, несущим на себе стебли, листья и почки. Основная задача побега - обеспечение листостебельности растения, то есть возможности максимально использовать и поглощать воздух и солнечный свет благодаря постоянному увеличению числа и, соответственно, общей поверхности листьев (больше поверхность поглощения света - интенсивнее фотосинтез и получение энергии; синтез органических и неорганических веществ и воздушное питание - эффективнее рост и размножение - увеличение количества особей - эволюционный успех вида). Стебель же при абсолютной схожести морфологии и физиологии является не только проводником воды, минеральных солей и органических веществ, не только механической осью жесткости побега, на которой держатся возникающие из почек боковые побеги-ответвления второго и третьего порядка, стебель еще и несет в себе полезную с эволюционной точки зрения функцию видоизменения: он образует корневища, столоны, клубни, луковицы, то есть формирует растительные кладовые полезных веществ. Что очень выгодно и для животных и человека: в основном, именно эти видоизмененные стебли и побеги мы используем в пищу.
Таким образом, отличия между стеблем и побегом настолько специфичны и малозаметны на первый взгляд, что не будет являться грубой ошибкой назвать одну и ту же ветку молодого деревца и стеблем, и побегом: на ней присутствует и тот, и другой в тесной эволюционной связке.