Уровнем должности и, соответственно, заработной платой. Ведущий специалист по должности стоит ниже главного. Сам буквально в пятницу узнал, что там к чему. А узнав, нагуглил: Указ Президента РФ от 31.12.2005 N 1574 (ред. от 29.10.2021) "О Реестре должностей федеральной государственной гражданской службы", там список гораздо шире того, что мне рассказали.