Если взять названия данных документов, то различия в следующем: рекомендательное письмо рекомендует, а характеристика характеризует.
Характеристика, как документ, выдается на человека, сотрудника, т.к. она характеризует его, кратко описывая черты его характера, наличие коммуникабельности, способности урегулирования конфликтов, т.е. все положительные и отрицательные черты. Также характеристика содержит сведения об имеющих или приобретенных навыках, например, владение иностранными языками, управление транспортными средствами и т.п.
Рекомендательное письмо содержит рекомендации, благоприятный, положительный отзыв о ком-то или о чем-то. Поэтому такое письмо может быть не только в отношении человека (сотрудника, работника), но и в отношении какого-либо товара, услуги. Суть данного документа – предложение воспользоваться услугами конкретного работника, организации, приобрести конкретный товар. Любой положительный отзыв, например по интернет - магазину, является, по сути, рекомендательным письмом. Рекомендательное письмо может содержать все элементы характеристики, если оно выдается на работника.