Вся разница - в размерха: по литературе шпур имеет длинну до 3,5 м, при диаметре до 75 мм, всё что длиннее или толще, это уже скважина.
Основное назначение шпуров - ведение буровзрывных работ, реже в качестве разведочных или разгрузочных. Диапазон использования скважин намного шире: те же БВР, разведка, добыча и еще много другого.