От всех прочих моделей автомобилей семейства «Самара» ВАЗ-21099 отличается тем, что передняя часть машины была значительно увеличена увеличена благодаря крыльям и капоту, также в 21099 обновленная радиаторная решетка, а также панель приборов. В будущем эти изменения перенесли на все модели семейства «Самара».
То есть ВАЗ-2109 короче от 99-й модели на 20 см, за счет увеличения заднего свеса. Благодаря этому у более новой модели багажный отсек находится отдельно от салона. Также это обеспечивает защиту кормы машины от пыли и грязи. Забрызгивание заднего стекла в 2109 было его неприятной особенностью.
Также стоит отметить, что ВАЗ-2109 начали выпускать еще в далеком 1986 году, а вот ВАЗ-21099 только с 1990 года. Во всем остальном эти две модели автомобилей абсолютно идентичные.