Лотос и кувшинка имею много отличий, т.к. это совершенно разные растения.
Во-первых, кувшинка (водяная лилия) относиться к семейству Nymphaea, а вот лотос относиться к семейству Nelumbo.
Путаница в названия произошла из-за растения Nymphaea lotus (один из видов кувшинки), которая растет в Египте.
Во-вторых, самое явно отличие этих двух растений можно наблюдать, сравнив семенные части цветов. У лотоса в середине цветка находиться бочонковидная семенная коробочка,
а вот у кувшинки семенная коробочка в виде шарика, закрытого лепестками.

В-третьих, листья у кувшинки лежать на воде,

а листья лотоса торчат из воды, в виде зонтиков.

В-четвертых, запах у этих двух цветов тоже отличается.