Вообще говоря, ведьма и колдунья – это синонимы. Оба эти слова обозначают женщин, практикующих магию. Отличие, пожалуй, только в том, что слово «ведьма» чаще используется в негативном смысле – как ругательство, или как саркастическое замечание. Колдунья же, напротив, чаще звучит как комплимент.
Но это если говорить об использовании слова в современном мире. Что касается исторической и художественной литературы, там никакой разницы между ведьмами и колдуньями нет.