Первое отличие – это химическая структура, так как героин (диацетилморфин) получается путем ацетилирования морфина. Героин был получен химиками позднее морфина на 70 лет и позиционировался тогда как безопасная его замена. 
Морфий получают из опиумного мака,
а героин из отходов такого производства или путем ацетилирования готового морфина. Героин способен практически полностью проникать через гематоэнцефалический барьер и приблизительно в 22-26 раз сильнее морфина. Психологическая и физическая зависимость от героина формируется гораздо быстрее, чем от морфия, и может начаться с первой дозы.
Морфин по-прежнему применяется в медицине в качестве сильного обезболивающего, 
тогда как героин практически не применяется с этой целью, в некоторых странах есть исключение – тяжелые и безнадежные онкологические пациенты.