Есть объекты операционной системы, такие как файлы, каталоги и т.п., а ярлыки - это ссылки на эти самые файлы, папки и др. объекты. Обычно используются для быстрого доступа к этим самым объектам. Например, ярлыки на Рабочем столе в Виндовс. Переименование, удаление, перемещение и любые другие операции с обычными ярлыками (существуют ещё и символические жёсткие ссылки, про которые мало кто знает и уж тем более редко используют) никак не влияют на объекты на которые они ссылаются. Ярлыки так же могу ссылаться и на команды. Например, если в Windows 7 создать ярлык ссылающийся на "shutdown -r -t 00", то компьютер сразу же перезагрузится, если "shutdown -s -t 00" - от произойдёт завершение работы. Таким образом мы вызываем команду на запуск файла shutdown.exe с параметрами: /s - Выключить локальный ПК /t - Задает временную задержку до вызова процедуры выключения компьютера в секундах - XX
На один и тот же файл может ссылкаться сколько угодно ярлыков и расположены они могут быть где угодно, и называться как Вам вздумается (ну кроме ограничений самой операционной системы).
Здесь более подробно
http://ru.wikipedia.org/wiki/Ярлык_(компьютер)
http://missliliya.com/kompyuter-s-nulya/chto-takoe-yarlyik-i-dlya-chego-on-nuzhen.html