Если не углубляться в подробности, основные различия следующие.
Размеры частиц: атом намного меньше иона. Более того, часто ионы состоят из нескольких атомов.
Строение частиц: атом состоит из атомного ядра, вокруг которого на орбитах расположены электроны. Ион не может похвастаться такой упорядоченной структурой, он может состоять из одного и из нескольких атомов.
Заряд частицы: атом может быть нейтральным, если количество протонов и электронов в его составе совпадает. Ион же всегда имеет какой-то заряд.
Это основные отличия, из которых в итоге вытекают разные свойства частиц.