Joint Stereo - это так называемое "смешанное стерео", когда кодируется одним каналом то, что в правом и левом одинаково, а потом еще два канала - разница с этим центром. Получается более "сжатая" запись.
Stereo - это чистая запись с раздельным кодированием каналов (возможно как точное деление битрейта пополам - так называемый 2ch так и динамическое перераспределение между каналами).
Для слушающих mp3-записи с 128-битным и ниже битрейтом разницы не услышите. Но уж если любите натуральный звук, тогда выбор очевиден.